Der botanische Garten befindet sich, umgeben von Wohngebieten, im Zentrum Rostocks. Er ist mit Bus, Straßenbahn und S-Bahn erreichbar.

In der Anlage liegen bindige humose und feuchte bis lockere sandige und trockene Böden vor. Der mittlere Jahresniederschlag liegt bei 575 mm, die mittlere Jahrestemperatur bei + 9,9 °C. Die mittlere relative Luftfeuchtigkeit liegt im Jahr bei 81,6.

Die Anlage wurde Ende der 30-er Jahre angelegt und 1939 eröffnet. Sie ist bis heute weitgehend erhalten und deshalb unter Denkmalschutz gestellt. Der reiche Baumbestand stammt aus den Gründungsjahr. 

Eine Besonderheit ist das bewegte natürliche Relief mit natürlichen Quellaustritten eines Bachlaufs, der das Gelände durchquert. Es sind anmoorige Quell- und Auenbereiche zu finden; ebenso ansteigende trockene und wärmere Hangbereiche.