Seit 1696 steht der Universität Würzburg ein botanischer Garten zur Verfügung. Er ging aus dem Arzneipflanzengarten (Hortus medicus) des Juliusspitals im heutigen Stadtzentrum hervor. 

Nach seiner dritten Verlegung befindet er sich jetzt am südlichen Stadtrand. Der Botanische Garten ist eine zentrale Einrichtung der Universität Würzburg. Er dient verschiedenen Teildisziplinen der Botanik und anderen Institutionen der Universität als wichtiges Hilfsmittel in Forschung und Lehre. Er ist der Öffentlichkeit zugänglich. 

1960 wurde mit der Neuanlage am Mittleren Dallenbergweg begonnen. Nach der endgültigen Umsiedlung der kostbaren Pflanzensammlungen (1968) und nach Beendigung der ersten Aufbauphase (7,5 Hektar) konnten im Sommer 1971 die offiziellen Übergabefeierlichkeiten erfolgen. 

Im zweiten Bauabschnitt (1,5 Hektar) wurde ein noch bis 1978 brachliegendes Lehmgrubengelände zur heutigen "Tertiärwald-Abteilung" umgeformt. Nach Abzug von Erweiterungsbauten des Instituts beträgt seine Nutzfläche heute rund 9 Hektar.