1787 erreichte die Anlage ihren heutigen Umfang von ca. 4,5 ha und wurde merklich umgestaltet. In diesem Zusammenhang entstanden auch die ersten beiden Gewächshäuser (heutige Gewächshausfläche 3.000 m²) und die Universitätssternwarte. 

Ab 1797 wurde alljährlich ein Samenkatalog herausgegeben, die Bestände des Gartens wissenschaftlich ausgewertet und der Öffentlichkeit zugänglich gemacht. Später erfolgte die Gliederung des Gartens nach systematischen, ökologischen und auch pflanzengeografischen Erkenntnissen. 

Anschließend wurde der Garten noch weitere Male neu organisiert, umgebaut und der Pflanzenbestand erweitert. 

Die Temperatur liegt im Januarmittel bei +0,3 °C, im Julimittel bei +18,7 °C. Absolutes Minimum ist eine Temperatur von - 27,1 °C. Der Jahresniederschlag liegt bei 502 mm. Schneebedeckt ist die Anlage im Mittel 39,6 Tage.