Im Gegensatz zu der zweitausendjährigen Geschichte der Stadt Regensburg, kann der Botanische Garten der Universität Regensburg nur auf eine vergleichsweise kurze Existenz zurückschauen. Erst 1977 wurde mit umfangreichen Baumaßnahmen zu dessen Erstellung begonnen. Zwar hat es in der Stadtgeschichte von Regensburg nicht an Versuchen zur Etablierung von botanischen Sammlungen gemangelt, jedoch war diesen Einrichtungen kein langer Bestand beschieden. Es steht zu hoffen, dass dem jetzigen Garten mit seinen 4,5 ha am südlichen Stadtrand eine längere Lebensdauer zuteilwird.

Das Herzstück der Anlage stellt die Systematische Abteilung der Bedecktsamer dar, welches die verwandtschaftlichen Beziehungen dieser Pflanzen untereinander widerspiegelt und nach stammesgeschichtlichen Gesichtspunkten aufgebaut wurde. Sehr sinnfällig fügen sich die aus ein oder mehreren Unterklassen bestehenden System-Arme in das sanft von Ost nach West aufsteigende Gelände ein. So sind die ursprünglichsten Arten am Hanggrund angesiedelt. Die Höherentwicklung symbolisierend, steigen von dort mehrere System-Arme auf, um an der Hangkrone in den Bereich der höchst entwickelten Arten des Pflanzenreiches überzugehen.

Dem südlichen Rand der Systematischen Abteilung schließt sich die Geografische Abteilung an. Ursprünglich beherbergten unsere geografischen Abteilungen nur Gehölze, die während des recht warmen geologischen Erdzeitalters Tertiär in den artenreichen, sommergrünen Laub- u. Nadelmischwäldern im nördlichsten Teil unserer Erdhalbkugel bis nach Spitzbergen anzutreffen waren. 

Ein Teil der westlichen Abgrenzung der systematischen Abteilung wird vom Submediterranen Bereich gebildet. Pflanzen aus einer bestimmten Höhenstufe südlich der Alpen sind in diesem Areal anzutreffen. Die Pflanzung zeigt sich im Juni/Juli in einem farbenprächtigen Zustand, wenn Felsennelke, Graslilie, Mauerpfeffer und diverse Klee-Arten zusammen mit einer ganzen Reihe anderer Pflanzen ihren Blütenhöhepunkt erreichen.

Nach Norden geht der hintere Teil des submediterranen Bereiches in einen Eichen-Birkenwald über, der natürlicherweise in W- und NW-Europa auf sandigen, bodensauren und nährstoffarmen Böden anzutreffen ist. 

Nach Norden grenzt eine Pflanzung unterschiedlicher Auwald-Ausprägungen das System ab. Diese, durch hohen Grundwasserstand oder häufige Überschwemmungen gekennzeichneten Vegetationstypen unserer Heimat sind entlang eines künstlichen Bachlaufes aufgepflanzt. Den schönsten Anblick vermitteln die Auwald-Formationen Schwarzerlenbruch und Eschen-Ulmen-Auwald im oberen Bereich des Bachlaufes.