Das Arboretum befindet sich auf dem Gelände des Leibniz-Instituts für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung (IPK) in Gatersleben. Geografisch liegt es im nördlichen Harzvorland am Rande der Magdeburger Börde mit ihren fruchtbaren Schwarzerdeböden. Die UNESCO Weltkulturerbestadt Quedlinburg mit historischen Fachwerk- und romanischen Kathedralbauten ist nur 10 min. entfernt. 

Durch den Regenschatten des westlich gelegenen Harzes fallen jährlich lediglich im langjährigen Schnitt weniger als 500 mm Niederschlag/Jahr. 

Das Institut wurde 1943 als Kaiser-Wilhelm-Institut in der Nähe von Wien gegründet und 1945 nach Deutschland überführt. Zwischen 1948 und 1972 wurden die meisten Gebäude errichtet, die zusammen mit den Grünanlagen das Bild des Forschungs-Campus mit über 500 Mitarbeitern prägen. 

Für die Gestaltung der Außenanlagen wurden seltene Gehölze aus Sortimentsbaumschulen gepflanzt sowie Sämereien aus internationalem Samentausch bzw. Sammelreisen der Wissenschaftler beschafft. Heute ist das Institutsgelände ein relativ abgeschlossener Landschaftspark mit vielen wertvollen Gehölzen.